No entanto, a euforia durou pouco. Apenas um dia depois, a Força Aérea dos Estados Unidos retificou a declaração. Em uma nova coletiva de imprensa, o general de brigada Roger Ramey afirmou que o objeto encontrado não era um disco voador, mas sim os restos de um balão meteorológico convencional. O oficial de inteligência da base, Major Jesse Marcel, que havia sido fotografado com os destroços "originais", foi agora mostrado com os restos "reais" do balão.
Essa rápida e drástica mudança na história lançou as sementes da desconfiança. As pessoas se perguntavam: por que a base primeiro confirmou um disco voador e depois negou? Por que os destroços mostrados na segunda coletiva de imprensa pareciam tão diferentes dos descritos por testemunhas?
Nos anos seguintes, a história de Roswell foi largamente esquecida pelo público em geral, relegada a rumores e a um nicho de entusiastas de OVNIs. Mas na década de 1970, a história ressurgiu com força total. O ufólogo Stanton Friedman localizou e entrevistou Jesse Marcel, que agora aposentado, contradisse a versão oficial. Marcel insistiu que os destroços que ele examinou não eram de um balão e que ele participou de um acobertamento deliberado.
A partir daí, surgiram novas testemunhas e relatos que alimentaram as teorias de conspiração. A mais famosa delas sugeria que não apenas um disco voador havia caído, mas que corpos de seres extraterrestres foram recuperados do local do acidente. Esses corpos, segundo as teorias, teriam sido levados para uma base secreta para autópsia e estudo.
A Força Aérea dos EUA tentou silenciar as teorias com relatórios oficiais em 1994 e 1997. Nesses relatórios, a Força Aérea explicou que os destroços eram de um projeto secreto chamado Mogul, que visava detectar testes nucleares soviéticos. Os "corpos de extraterrestres" foram atribuídos a manequins de teste de paraquedismo que foram usados em exercícios militares na área muito depois do incidente original.